Все дети Чуковского получили отчество "Корнеевичи", хотя имя Корней было его личным изобретением — свой псевдоним Николай Корнейчуков придумал в начале литературной карьеры, разбив фамилию на две части. По его словам, у него "никогда не было такой роскоши, как отец или хотя бы дед" — из–за своего внебрачного происхождения Чуковский не имел отчества, позже он выбрал его себе сам и добавил к псевдониму "Иванович".

В начале 1928 года по инициативе Крупской творчество Чуковского подверглось жесткой критике за идеологически неверные сюжеты — вместо описаний великих планов, индустриализации и коллективизации он забивал головы детей "Тараканищами", "Цокотухами" и прочими вредителями. Началась кампания, получившая название "чуковщина". "Черт возьми, — писал он директору Госиздата, — неужели Советская страна уж не может вместить одного единственного сказочника!" Последовали два года отказов издателей и редакторов, Чуковский был практически лишен средств к существованию.

В декабре 1929 года в "Литературной газете" публикуется письмо Чуковского с отречением от сказок и обещанием создать сборник "Весёлая колхозия". Сказки он действительно не писал до 1942 года, но "Колхозии", к счастью, тоже не суждено было случиться. "В голове у меня толпились чудесные сюжеты новых сказок, но эти изуверы убедили меня, что мои сказки действительно никому не нужны, — и я не написал ни одной строки. И что хуже всего: от меня отшатнулись мои прежние сторонники. Да и сам я чувствовал себя негодяем. И тут меня постигло возмездие: заболела смертельно Мурочка". У младшей и самой любимой дочери Чуковского обнаружили туберкулез. Самые известные свои сказки писатель написал для нее о ней с ней же на коленях. Мурочка умерла в ночь на 11 ноября 1931 года. Отец сам уложил её в гроб, заколотил и отнёс на кладбище.

В годы войны, по данным НКГБ, Чуковский заявил следующее: "…Всей душой желаю гибели Гитлера и крушения его бредовых идей. С падением нацистской деспотии мир демократии встанет лицом к лицу с советской деспотией. Будем ждать". Неодназначность отношений писателя к властям иллюстрирует одна из его шуток: "Я счастливый отец. Если к власти придут правые, у меня есть Коля, если левые – Лида". Его сын Николай дослужился до члена правлений СП СССР, СП РСФСР и издательства "Советский писатель", в то время как на публикации Лидии в СССР был наложен полный запрет за критическое отношение к советской власти, поддержку диссидентов и брак с "врагом народа" — опальным физиком Матвеем Бронштейном. Сам писатель в разные годы продолжал активно защищать от нападок КПСС Зощенко, Бродского, Солженицына и многих других неугодных властям писателей, ученых и пр.

Последние годы лауреат множества госпремий Корней Иванович Чуковский по большей части провел на даче в Переделкино, где устраивал публичные чтения для окрестных детей. На одной из таких встреч Агния Барто спросила: «Ну что, ребята, кто лучше всех знает "Мойдодыра"?», уже старенький Чуковский перепугал детей, внезапно закричав: «Я!!!»